Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta memiliki Program Studi (Prodi) yang bernaung di 5 (lima) Fakultas, yaitu Prodi Manajemen (Fakultas Ekonomi), Prodi Hukum (Fakultas Hukum), Prodi Administrasi Negara (Fakultas Ilmu Sosial dan Politik), Prodi Psikologi (Fakultas Psikologi), Prodi Teknik Mesin, Prodi Teknik Perminyakan, Prodi Teknik Lingkungan, Teknik Industri, dan Teknologi Informasi (Fakultas Teknik).